Die umfassendste Datenbank ist die der ncbi. Hier finden sich Sequenzen aller Organismengruppen und aller Genorte (Locus). Andere Datenbanken, wie etwa Unite, verfügen ausschließlich über Sequenzen bestimmter Genorte. Unite ist beschränkt auf ITS. Zur Berechnung von Stammbäumen sollte man möglichst mehrere Genorte heranziehen. Dies verbessert die Belastbarkeit des Ergebnisses.