Zum Protoplasma gehören der Zellkern und das Zytoplasma sowie Plastiden und Mitochondrien. Der Begriff Protoplasma wurde heute weitgehend vom Begriff Zytoplasma verdrängt, wobei das Zytoplasma definitionsgemäß den Zellkern nicht mit einschließt. Auch den Inhalt der röhrenartigen Hyphen, aus denen Pilze aufgebaut sind, bezeichnet man als Protoplasma.